La actividad de Isdefe está centrada en el ámbito de la Defensa y la Seguridad Pública, siendo el principal destinatario el Ministerio de Defensa de España. Aunque la actividad en el sector de Defensa y Seguridad se ha incrementado en el año 2023, el porcentaje con respecto el total ha disminuido debido al incremento de la demanda de apoyo en la gestión de Programas financiados con fondos europeos.