Isdefe está adscrita al Ministerio de Defensa a través de la Secretaría de Estado de Defensa, siendo el Instituto Nacional de Técnica Aeroespacial (INTA) el accionista único de su capital social.
La presidenta de Isdefe es la Secretaria de Estado de Defensa, lo que asegura el alineamiento de la compañía con los intereses de la Administración española en el área de Defensa y Seguridad.